耶魯大學(xué)的建校歷史可以追溯到1701年在康乃狄格殖民地法院通過的《自由建立大學(xué)學(xué)院法案》。之后不久，由詹姆士•皮埃彭帶領(lǐng)的十位基督教公理會教士在康乃狄格州之Branford會首，集合了眾人的藏書，組成為學(xué)校的首個(gè)圖書館。這十位教士，現(xiàn)今被認(rèn)為是耶魯大學(xué)的創(chuàng)始人。如今，耶魯大學(xué)已經(jīng)擁有了300多年的歷史。在美國眾多私立大學(xué)當(dāng)中入屈指可數(shù)。悠久的歷史不但為這所大學(xué)贏得了舉世矚目的成就，也給予了它更深層次的文化沉淀?，F(xiàn)在的耶魯大學(xué)已經(jīng)不僅僅是一座簡單的大學(xué)，它更屬于學(xué)術(shù)權(quán)威的代表，人才的搖籃。是世界各地眾多學(xué)子們夢寐以求的理想大學(xué)，也是他們?nèi)松飞现匾念I(lǐng)航者。它不僅引領(lǐng)了世界學(xué)術(shù)的潮流，它也代表了美國的國家教育實(shí)力。
　　
　　耶魯大學(xué)最初被稱為“大學(xué)學(xué)院”，開設(shè)在首位校長AbrahamPierson位于Killington（今為Clinton）的家中。1716年校址遷至康州紐黑文市，直至今日。與此同時(shí)，在美國另一所大學(xué)哈佛大學(xué)，第六任校長IncreaseMather與學(xué)校神職人員之間出現(xiàn)了裂痕。他認(rèn)為該校之神職人員日益呈現(xiàn)自由化傾向、不嚴(yán)格執(zhí)行教規(guī)，且在教會政策上過于寬泛。Mather辭職之后，兩方關(guān)系進(jìn)一步惡化，學(xué)校當(dāng)局屢次拒絕Mather的兒子并且是同事CottonMather繼任校長的請求。這場因宗教異見引起的紛爭最終導(dǎo)致Mather父子成功的在大學(xué)學(xué)院任職，從而持續(xù)哈佛逐漸背離的基督教精神。

　　1718年，CottanMather與一位成功的威爾士商人伊萊胡•耶魯建立了聯(lián)系，請求他為學(xué)校新建一幢建筑提供經(jīng)濟(jì)幫助。耶魯在印度時(shí)任東印度公司的代表并籍此發(fā)家，他總共為大學(xué)學(xué)院捐獻(xiàn)了9捆貨物，出售所得超過560英鎊，這在當(dāng)時(shí)是一筆可觀的款項(xiàng)。耶魯同時(shí)還捐獻(xiàn)了417本圖書和一幅英王佐治一世的肖相。因此CottanMather提議將大學(xué)學(xué)院改名為耶魯學(xué)院，以表感謝，并期望能夠得到另一筆捐款。事實(shí)上，當(dāng)學(xué)校改名為耶魯?shù)南鞯揭寥R胡•耶魯?shù)募亦l(xiāng)北威爾士的Wrexham時(shí)，伊萊胡•耶魯并不知情，因?yàn)樗?dāng)時(shí)身在印度，并終身沒有回到故鄉(xiāng)。而當(dāng)他最終將全部遺產(chǎn)捐獻(xiàn)給“康乃狄格殖民地之大學(xué)學(xué)院”時(shí)，已更名的耶魯大學(xué)至今未能成功領(lǐng)取這筆遺產(chǎn)。 　　在美國，尤其是在新英格蘭地區(qū)，嚴(yán)格的神學(xué)學(xué)生將希伯來文，希臘文和拉丁文共認(rèn)為經(jīng)典語言，因?yàn)檫@對學(xué)習(xí)舊約原文至關(guān)重要。校長EzraStiles（1778-1779在任），更是要求所有新生學(xué)習(xí)希伯來文（當(dāng)時(shí)哈佛大學(xué)則僅要求高年級學(xué)生學(xué)習(xí)），并且將希伯來文的校訓(xùn)“光明與真知”寫上?；?。

　　耶魯大學(xué)在過去三百年中逐漸擴(kuò)張，依次建立了醫(yī)學(xué)院（1810）、神學(xué)院（1822）、法學(xué)院（1843）、研究生院（1847）、謝費(fèi)德科學(xué)院（1861，今已不存）和藝術(shù)學(xué)院（1869）。1887年，耶魯在校長TimothyDwight五世主理下繼續(xù)發(fā)展，并更名為耶魯大學(xué)，以符合綜合性大學(xué)的事實(shí)。大學(xué)之后又開設(shè)了音樂學(xué)院（1894）、森林和環(huán)境學(xué)院（1901）、公共衛(wèi)生學(xué)院（1915）、護(hù)理學(xué)院（1923）和管理學(xué)院（1976）。

　　耶魯學(xué)院（即耶魯大學(xué)本科部）在1969年首次接收女生，這在美國諸多具有悠久歷史的男校中屬先鋒之舉。今日耶魯大學(xué)的史德林紀(jì)念圖書館門前仍立有著名建筑設(shè)計(jì)師林瓔設(shè)計(jì)的女生桌，以紀(jì)念女性在耶魯?shù)匚坏慕夥拧?br />
　　耶魯大學(xué)同其他常青藤聯(lián)盟的成員大學(xué)一樣，曾在二十世紀(jì)早期實(shí)行過人為增加美國上層白人基督教家庭的學(xué)生在總學(xué)生人數(shù)中的比例，也是所有的常青藤學(xué)校中最后一個(gè)結(jié)束這種偏向的（該項(xiàng)政策止于1970年）。